新制度經(jīng)濟學(xué)這一定義更開始由威廉姆森在二十世紀(jì)七十年代宣布提，但新制度經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論的發(fā)源應(yīng)當(dāng)上溯1937年科斯( RonaldCoase)《企業(yè)的性質(zhì)》一文的發(fā)布，后經(jīng)威廉姆森等諸多經(jīng)濟師的不斷完善與發(fā)展趨勢，慢慢獲得健全。
新制度經(jīng)濟學(xué)有關(guān)公司基礎(chǔ)理論的闡述能夠根據(jù)三個關(guān)鍵的基礎(chǔ)理論支系開展表明：1．交易手續(xù)費社會經(jīng)濟學(xué)。2．產(chǎn)權(quán)理論。3．授權(quán)委托——代理理論(Principal-agent Theory)。
綜上所述，新制度經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論較新古典經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論的發(fā)展之處取決于：①擺脫了新古典經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論中公司做為明確外生變量的假定基本，從交易手續(xù)費的視角創(chuàng)造性表述了企業(yè)的本質(zhì)；②更改了新古社會經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論非契約書的統(tǒng)計分析方法，把我們在平時文化生活中了解的規(guī)章制度、自然環(huán)境等要素列入剖析架構(gòu)中，使原來實體模型更為接近實際；③改正了新古典經(jīng)濟學(xué)公司基礎(chǔ)理論的“黑箱子”，剛開始重視企業(yè)內(nèi)部組織關(guān)系的剖析，公司基礎(chǔ)理論的科學(xué)研究范疇獲得進一步擴展；④明確提出了更接近實際的基礎(chǔ)理論假定，如有限理性、機會主義和效應(yīng)利潤更大化等。